El aseguramiento de la calidad microbiológica del agua potable depende en gran medida de las políticas de prevención, control y mitigación de potenciales eventos de contaminación fecal de las aguas ambientales empleadas como materia prima del proceso de potabilización. Para evaluar el riesgo así como para optimizar las respuestas destinadas a prevenir, controlar o mitigar dichos eventos es deseable contar con herramientas que permitan evaluar y discriminar entre su origen humano o animal. Con el objetivo de implementar el uso de estas herramientas en nuestro país, en este trabajo hemos evaluado la performance de sistemas de PCR de tiempo final y tiempo real previamente descritos (Referencias) que emplean blancos correspondientes a clusters Bacteroidales humanos o rumiantes así como al ADN mitocondrial de humanos, bovinos, ovinos y porcinos como sistemas.