La atrazina es un herbicida que se utiliza para el control de malezas anuales y gramíneas perennes. Aunque se encuentra prohibido en la Unión Europea por su toxicidad y la de sus metabolitos, en Uruguay ocupa el segundo lugar de importancia en volúmenes de importación. La presencia de atrazina ha sido especialmente relevante en algunos cursos de agua que surten a las plantas potabilizadoras nacionales. El principal mecanismo de eliminación de la atrazina en ambientes con pH neutro es la degradación bacteriana. Los microorganismos pueden degradar atrazina produciendo intermediarios de variada persistencia y toxicidad, o mineralizarla dando amonio y anhídrido carbónico. La separación y detección de estos intermediarios es importante para seleccionar consorcios bacterianos apropiados para aplicar en un proceso de biorremediación. En este trabajo se desarrolló un método isocrático de cromatografía líquida de alta performance (HPLC) usando un agente de par iónico y fase reversa para separar atrazina de algunos de sus metabolitos en un medio de cultivo sintético. Este método resultó adecuado para detectar los intermediarios de la degradación producidos por consorcios bacterianos autóctonos seleccionados. También se utilizó para determinar si un consorcio bacteriano activo podía degradar la atrazina adsorbida sobre carbón activado.