En este trabajo se indagó en aspectos conceptuales y operativos vinculados a la elaboración de instrumentos de gestión patrimonial en Uruguay, con énfasis en los bienes y espacios costeros que se destacan por su contribución al mantenimiento de la biodiversidad. El objetivo general de la investigación fue proponer un modelo conceptual que integrara y representara cuestiones clave de la conservación de la biodiversidad y del patrimonio cultural y que hiciera factible que tal integración pudiera hacerse operativa mediante instrumentos concretos de Ordenamiento Territorial y Desarrollo Sostenible previstos en la Ley 18.308 (Uruguay, 2008). El abordaje metodológico se basó en la teoría de los sistemas complejos y en las ciencias de la integración e implementación (I2S). La síntesis de los conocimientos se realizó por medio de mapas y modelos conceptuales. Los datos primarios se obtuvieron a través de entrevistas y talleres. El principal resultado fue la extensión del modelo conceptual de referencia abstracto del patrimonio cultural (CHARM) para la elaboración de instrumentos de protección patrimonial enfocada en especies, ecosistemas, paisajes y servicios ecosistémicos. El modelo está expresado en lenguaje ConML que permite su traducción a bases de datos para el registro y gestión de la información.