La miel es un alimento complejo que elaboran las abejas a partir de néctar y mielatos, incorporando sustancias propias. Su composición varía según el origen floral, la zona y las condiciones climáticas. El área protegida Estero de Farrapos, en Uruguay, tiene condiciones naturales que atraen a los apicultores a producir mieles, las cuales comercializan a granel. Caracterizar estas mieles y diferenciarlas por su origen geográfico y botánico constituye una oportunidad de valorización comercial. Se estudiaron 30 muestras de mieles de apiarios de esta región, evaluándose características fisicoquímicas (color, humedad, hidroximetilfurfural, conductividad eléctrica, acidez libre, pH) y melisopalinológicas. Los resultados para humedad (17,3%), hidroximetilfurfural (6,16 mg/Kg) y acidez libre (30,2 meq/Kg) permiten confirmar su calidad bromatológica y el uso de buenas prácticas de manipulación en los procesos productivos y de extracción. Los parámetros de color (90,5 mm Pfund) y conductividad eléctrica (0,5854 mS/cm) podrían utilizarse para caracterizar estas mieles, contribuyendo a diferenciarlas por su origen botánico y geográfico. Las mieles resultaron de una riqueza polínica alta, y los espectros polínicos permiten asociarlas a la región de producción. Muchas resultaron ser monoflorales de las especies nativas Scutia buxifolia (coronilla) y Blepharocalyx salicifolius (arrayán), y varias están muy cerca de serlo. Un protocolo productivo adecuado podría optimizar esta característica en toda su potencialidad.