Este trabajo representa el primer reporte que se realiza en Uruguay sobre la implementación de la técnica para cuantificar gases de efecto invernadero (GEI) y sus flujos difusivos a través de la interfase sedimento-agua. El estudio fue realizado en el embalse Rincón del Bonete, ubicado sobre el Río Negro. La técnica aplicada permitió determinar las concentraciones de GEI (CH4, CO2 y N2O) en los sedimentos. El CO2 y el CH4 fueron los gases con mayor concentración por m2 de sedimento. En lo referente a sus flujos difusivos, el CO2 (máx. = 1,198 mg/m2/d) fue superior al CH4 (máx. = 0,194 mg/m2/d) y al N2O (máx. = 0,02 mg/m2/d). Si bien los valores determinados fueron bajos comparados con otros sistemas, se necesitaría profundizar en los estudios temporales y espaciales para valorar mejor la magnitud de los flujos de GEI. Debido al aumento de la intensidad de las actividades humanas y a los efectos del cambio climático, los cuales promoverían el aumento de floraciones algales, sería de esperar que -tras su descomposición- se incrementara la liberación de GEI en el embalse en un futuro.