En la última década se ha experimentado un importante cambio en el sistema energético mundial hacia el uso de biocombustibles. En Uruguay, el bioetanol a partir de caña de azúcar se convirtió desde 2005 en una importante fuente de energía alternativa. Durante su producción se generan de 8 a 13 litros de vinaza por litro, residuo líquido rico en materia orgánica, potasio, calcio, magnesio, azufre y nitrógeno. Su uso como fertilizante es una alternativa que permite su degradación y el reciclaje de sus nutrientes, en sustitución de fertilizantes químicos. Con el objetivo de identificar indicadores para el monitoreo de la aplicación de vinaza al cultivo de caña de azúcar, se evaluaron diferentes parámetros microbianos de suelos en predios de producción de Bella Unión, Artigas, Uruguay. Se estableció una línea de base para estas variables y su relación con variables químicas. Por dos años consecutivos se determinó la abundancia de bacterias heterótrofas, amonificantes, actinobacterias, hongos y levaduras, y la actividad microbiana medida como respiración. Las primeras cuatro poblaciones se correlacionaron entre sí y con el contenido de potasio en el suelo. El seguimiento de la aplicación de vinaza permite establecer un protocolo que optimice su aprovechamiento como fertilizante y minimice su impacto ambiental