Como parte del proceso de evaluación del impacto ambiental ante la puesta en funcionamiento de la planta de pulpa de celulosa Kraft Botnia (actual UPM), se realizaron estudios de línea de base entre los años 2005 y 2007. El diseño de muestreo incluyó tres transectas perpendiculares a la línea de costa, en tres sitios: Nuevo Berlín, Fray Bentos y Las Cañas. Se realizaron estudios de parámetros físico-químicos del agua (nutrientes, sustancias orgánicas, metales, compuestos orgánicos adsorbibles (AOX), dioxinas y furanos), materia orgánica y granulometría del sedimento, estudios biológicos de las comunidades planctónicas, zoobentónicas e ícticas y bioacumulación de dioxinas en peces. El fósforo en la columna de agua presentó en promedio valores por encima de lo recomendado por la normativa nacional, mientras los contaminantes orgánicos (AOX, clorofenoles, ácidos resínicos, fitosteroles, dioxinas y furanos) se mantuvieron por debajo de los valores guía recomendados a nivel internacional. Las comunidades planctónicas variaron significativamente entre muestreos, la de peces entre sitios y muestreos, mientras que la de bentos no presentó variaciones significativas espaciales ni temporales. El bagre trompudo (Iheringichthys labrosus) es propuesto como especie a ser monitoreada debido a su ubicuidad y abundancia. Este trabajo ofrece una visión general de los estudios de línea de base, destacando la multiplicidad y la periodicidad de los parámetros en dos años de estudio.