La protección de los microorganismos mediante microencapsulación se desarrolla en forma creciente, donde es importante encontrar un soporte adecuado que sea biocompatible y estable en el tiempo. En este trabajo se estudiáron tres sistemas de encapsulación de una levadura Kluyveromyces Marxianus con el fin de poder obtener un sistema estable que permita fermentaciones en sustratos con presencia de inhibidores como derivados de lignina y subproductos de hemicelulosa. La fermentación alcoholica con Kluyveromyces libre presenta una disminución en el rendimiento del 50 y 75% cuando se trabaja c on inhibidores fenólicos y de xilano respectivamente. Kluyveromyces encapsulado en alginato presenta una disminu ción del rendimiento de la producción de alcohol del 50 y 60% respectivamente ,mientras que encapsulado en quitosano la disminución del rendimiento es del 25 y 30%, respectivamente. La encapsulación en PVA presenta una disminución del rendimiento del 20 y 10% respectivamente. Todos los sistemas permitieron desarrollar el crecimiento y fermentar azúcares a altas temperaturas, siendo la encapsulación en PVA la más adecuada probablemente por el tamaño pequeño de las partículas, que aumenta la superficie de acción. Consideramos que es un buen sistema de fermentación para procesos que utilizan lignocelulósicos como materia prima obteniendo buena protección y aumentando los rendimientos productivos.