En este trabajo se presentan los monitoreos biológicos del Río Uruguay y Negro llevado a cabo por el Departamento de Medio Ambiente del Laboratorio Tecnológico del Uruguay (LATU). En el tramo inferior del Río Uruguay se monitorea desde Julio del año 2006 y el diseño de muestreo consiste en tres transectas perpendiculares a la línea de costa, entre la orilla y el canal, en tres zonas de muestreo: Nuevo Berlín, Fray Bentos y Las Cañas. Desde enero 2007 se intensificaron los muestreos en la Bahía Yaguareté y Bahía de M’Bopicuá. Por otro lado, desde abril el año 2007 hasta el presente se realizan muestreos en dos zonas del Río Negro, aguas abajo de la represa de Rincón de Bonete y de la Represa de Baygorria en base a una transecta con tres puntos perpendiculares al curso de agua. En los tres sistemas de monitoreo se miden parámetros in situ y además de las comunidades biológicas (fitoplancton, zooplancton, macrozoobentos y peces) se extraen muestras de agua y sedimento para realizar en los distintos departamentos del laboratorio análisis biológicos, ecotoxicológicos y físico-químicos (nutrientes, metales, EOX, PAHs, PCBs, dioxinas y furanos).