La separación, identificación y cuantificación de las proteínas presentes en la leche y productos lácteos brinda información acerca de las características fisicoquímicas, y puede utilizarse para explicar su influencia en la actividad biológica y sabor, así como para evaluar la autenticidad del producto. La leche bovina contiene 3 – 3.5% de proteínas de los cuales aproximadamente 80 % corresponde a caseínas y 20 % a proteínas del suero. Las caseínas comprenden: αs1-CN, αs2-CN, β (+γ)-CN y κ-CN. Las proteínas del suero en su mayoría son β-lactoglobulina y α-lactoalbúmina, y en menor proporción seroalbúmina bovina e inmunoglobulinas. Entre los métodos disponibles para el análisis de proteínas se destaca la electroforesis en geles de poliacrilamida (SDS-PAGE) por ser el de mayor uso. Presenta la desventaja de ser muy laborioso, consumir tiempo y reactivos. La tecnología de microchips integra todos los procesos involucrados en la electroforesis en una plataforma de chip única y permite el análisis de varias muestras en pocos minutos (Anema, 2009; Nitsche, 2016; Dupont, 2018). El objetivo de este trabajo fue el análisis del perfil proteico de muestras de leche cruda bovina mediante electroforesis en microchips y su comparación con SDS-PAGE.