En este trabajo se compararon tres diferentes métodos de extracción de lípidos en semillas de quinoa utilizando: maceración dinámica con hexano, maceración con hexano asistida por ultrasonido y extracción continua en Soxhlet con gradiente de polaridad (hexano, acetato de etilo, metanol). Para cada una de las metodologías evaluadas se determinó el rendimiento y posteriormente la derivatización para generar los ésteres metílicos de los ácidos grasos (FAMEs) correspondientes. Todas las fracciones obtenidas (extractos y FAMEs) fueron evaluadas mediante cromatografía en capa fina. Se observó que los métodos de extracción que utilizan hexano y acetato de etilo como solvente presentaron manchas de similar concentración y factor de retención. Mientras que el extracto obtenido con metanol presentó manchas de similar factor de retención que las fracciones de hexano pero con menor intensidad, también mostró otras manchas muy polares que permanecieron en la línea de siembra. Las diferentes fracciones en hexano transesterificadas se analizaron mediante cromatografía gaseosa con detector de ionización de llama, con detector de masas y mediante resonancia magnética nuclear. Por medio de GC-FID se identificaron los siguientes ácidos grasos: C 14:0; C16:0; C18:0; C18:1; C18:2; C18:3 y C20:1. El análisis mediante GC-MS permitió la confirmación mediante biblioteca de C16:0; C18:0; C18:1; C18:2.