En este trabajo se evaluó la dinámica y toxicidad de Microcystis spp. en el embalse de Salto Grande en invierno y verano de 2013, así como la diversidad genética de sus poblaciones tóxicas mediante análisis de melting de alta resolución de amplicones del gen mcyJ. La abundancia de células de Microcystis spp. varió entre los distintos sitios y entre estaciones, detectándose una abundancia signifcativamente mayor de células y genotipos tóxicos así como de microcistina-LR en verano. Además, se detectaron dos grupos de genotipos mcyJ (clusters 1 y 2) con diferentes preferencias ambientales. El 1 estuvo integrado por muestras de Microcystis spp. obtenidas en condiciones de bajas temperaturas (? 17,6 °C) y mayor conductividad (~52-58 µS cm-1), presentando bajo número de células y ausencia de microcistina-LR. Las muestras incluidas en el cluster 2 se caracterizaron por ser de verano (temperatura entre 17,6 y 25,9 ºC), presentar menor conductividad (~50-52 µS cm-1), alta abundancia de células y presencia de microcistina-LR. Nuestros resultados sugieren que las poblaciones tóxicas de Microcystis que ?orecen en verano serían diferentes a las que se mantienen durante el invierno y que la temperatura y conductividad del agua serían variables relevantes que controlarían su abundancia y toxicidad.