ABSTRACT.This study reports the combination of multivariate techniques and pollen count analysis to classify honey samples accordingly to botanical sources, in samples from Uruguay. Honey samples from different botanical origins, namely Eucalyptus spp. (n = 10), Lotus spp. (n = 12), Salix spp. (n = 5), mil flores (Myrtaceae spp.) (n = 12) and coronilla (Scutia buxifolia Reissek) (n = 10) were analysed using Melissopalynology (pollen identification). Principal component analysis (PCA) and linear discriminant analysis (LDA) were used to classify the honey samples accordingly to their botanical origin based on a pollen count. Honey samples of higher percentage (> 70%) of Eucalyptus, Lotus and Scutia pollen were 100% correctly classified, whilst samples from Myrtaceae spp. and Salix were 80 and 66% correctly classified, respectively. The use of PCA and LDA combined with pollen identification proved useful in characterizing honey samples from different botanical origins. RESUMEN.Este estudio reporta la combinación de técnicas de análisis multivariado y de polen para clasificar el origen botánico de muestras de miel provenientes de Uruguay. Muestras de miel de diversos orígenes botánicos, a saber Eucaliptus spp. (n = 10), Lotus spp. (n = 12), Salix spp. (n = 5), mil flores (Myrtaceae spp.) (n = 12) y coronilla (Scutia buxifolia Reissek) (n = 10) fueron analizadas usando Melisopalinología (identificación del polen). Análisis de componentes principales (APC) y de discriminantes lineales (ADL) fueron utilizados para clasificar las muestras de la miel de acuerdo a su origen botánico basado en el conteo de polen. Las muestras de miel que contenían más de un 70% de polen de Eucaliptus, Lotus y Scutia buxifolia fueron clasificadas correctamente en un 100% de los casos. Mientras que las muestras de miel identificadas como de Myrtaceae spp. y Salix fueron clasificadas correctamente en un 80 y 66% de los casos. El uso de APC y de ADL combinado con la identificación del polen probó ser una herramienta útil para caracterizar muestras de miel de diversos origenes.