Abstract: Neospora caninum es el agente etiológico de la neosporosis bovina, una de las principales causas de aborto bovino en el mundo. Esta enfermedad produce pérdidas millonarias con un gran impacto económico en el sector ganadero, principalmente en el ganado lechero. Sin embargo, se sabe muy poco sobre la biología de este parásito. A través de un trabajo multicéntrico, nos propusimos profundizar en la situación local y global, siendo el objetivo de este trabajo la caracterización a nivel genético y fenotípico, de las cepas circulantes y su comparación con cepas de referencia, de forma de poder adaptar las herramientasdiagnósticas y profilácticas a las necesidades de la región. Por un lado aislamos cuatro cepas de tres regiones distintas de Uruguay, y mediante un análisis de microsatélites determinamos la existencia de una importante diversidad genética en esta especie. Los diversos perfiles de tipificación por microsatélites se correlacionaron con diferencias fenotípicas en transmisión vertical, virulencia y potencial abortivo en modelos murinos. Asimismo, la tipificación por microsatélites del ADN de N. caninum de fetos bovinos abortados espontáneamente de granjas lecheras se correlacionó con mayor frecuencia con uno de los aislados, lo que sugiere que diferentes cepas pueden tener diferentes potenciales abortivos. A partir de estos hallazgos decidimos realizar un análisis comparativo más profundode la diversidad genética de cepas, pero ahora a nivel global, y determinamos que N. caninum presenta una importante complejidad genética, exhibiendo al menos seis clusters o grupos de tipificación. Finalmente, la secuenciación completa del genoma usando la tecnología PacBio reveló un ensamblaje impreciso del genoma de referencia de N. caninum, lo que nos llevó a reensamblar y anotar este genoma.Financiación: FSSA_X_2014_1_106026 ANII-INIA.