El manejo del riego ha demostrado tener un impacto sobre las emisiones de metano (CH4) y óxido nitroso (N2O) en el cultivo de arroz. El riego con déficit controlado, el cual disminuye el período bajo inundación, ha sido reportado como una importante herramienta para atenuar las emisiones de metano. Sin embargo este manejo del riego podría incrementar las emisiones de óxido nitroso y reducir el rendimiento. Por lo tanto, es importante analizar las posibles compensaciones entre las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) y la productividad. A lo largo de tres años dos manejos del riego contrastantes fueron evaluados con respecto a las emisiones totales de metano y óxido nitroso, rendimiento, consumo y productividad del agua. Los manejos de agua estudiados fueron el manejo tradicional que consistió en el establecimiento de la inundación a los 30 días después de la emergencia (IC30) en comparación con un riego restringido con déficit controlado que permitía el secado y mojado del suelo (RR). RR presentó una acumulación media de metano de 98,4 kg/ha CH4, que fueron un 55% menores a los observados en IC30, mientras que no hubo diferencias significativas en las acumulaciones medias de óxido nitroso entre ambos tratamientos de riego. En dos de los años evaluados no hubo diferencias significativas de rendimiento entre los manejos del riego, mientras que el manejo RR presentó un rendimiento significativamente menor en uno de los años. No hubo diferencias en la totalidad de agua aplicada y en la productividad de la misma en dos de los años evaluados, mientras que el tratamiento IC30 presentó mayores niveles de agua aplicada y menor productividad del agua en uno de ellos. Estos resultados sugieren que el manejo del riego con déficit controlado (RR) puede ser una opción para reducir las emisiones GEI del cultivo de arroz. De todas formas, este manejo del riego puede comprometer el rendimiento del cultivo, determinando por lo tanto la importancia de la correcta evaluación de las incertidumbres y riesgos a la hora de promover su adopción por los productores.