Introducción: El aparato urinario esta habitado por una microbiota" "especifica y variable..! .Se ha reportado la presencia de comunidades bacterianas intracelulares (CBl)"que escapan de la detección por el urocultivo, la acción de los agentes antimicrobianos y del sistema inmune. Se desconoce sí las muestras de orina son lo suficientemente representativas para evaluar todo el aparato urinario y la presencia de CBI. Nos enfocamos específicamente en valorar las diferencias entre la microbiota del aparato urinario y las de la uretra. Objetivo:Evaluar la presencia de microorganismos (intra y extracelulares) en la orina y uretra de pacientes urológicos asintomáticos a través de distintas técnicas diagnosticas. Material: Se recabaron muestras de hombres sin síntomas de infección urinaria activa y sin tratamiento antibiótico por los últimos 3 meses. Métodos:Se cultivaron muestras de orina para valorar la existencia de bacterias extracelulares (urocultivo estándar y expandido). En cuanto a la identificación de CBI, se analizaron las muestras de orina y de hisopado uretral mediante microscopia laser confocal. Resultados: Los resultados de las primeras muestras analizadas hasta el momento, reflejan una diferencias en cuanto a la presencia de bacterias en los distintos tipos de muestras, así como una disparidad entre el resultado del urocultivo estándar y la presencia de CBI acorde a la microscopía confocal. Conclusión: Existe una diferencia entre los distintos tipos de muestras y la presencia de comunidades bacterianas intra y extra celulares. Las CBI no detectables por métodos de diagnóstico clásicos, podrían explicar la sintomatología persistente en pacientes con patologías crónicas de etiologia aún incierta. Conocer la existencia y componentes de la microbiota en diferentes sectores del aparato urinario, brinda información clínicamente relevante para ajustar la conducta terapéutica y como factor pronóstico en nuestros pacientes.