Las floraciones de cianobacterias tóxicas, producto de la eutrofización antrópica y la modificación hidrológica, son un problema ambiental y de salud pública en ecosistemas de todo el mundo. En particular, en la Cuenca del Plata se desarrollan floraciones de cianobacterias coloniales del género Microcystis, cuyas especies son capaces de producir microcistinas, un metabolito tóxico para humanos y animales. En trabajos previos propusimos que la toxicidad de Microcystis spp. (producción de microcistina) está relacionada a la morfología de las colonias (tamaño) y refleja la etapa más activa de crecimiento de la comunidad. Por tanto, conocer qué condiciones ambientales favorecen la proliferación de los tamaños de colonia más tóxicos en cada ecosistema resulta relevante para la predicción del riesgo. Con el objetivo de dilucidar eso, en este trabajo se evaluó la relación entre la morfología (tamaño de las colonias), la proporción de células tóxicas y las condiciones ambientales (temperatura, turbidez, conductividad). Para ello, se tomaron muestras de agua en zonas del Río de la Plata donde frecuentemente se desarrollan floraciones de Microcystis y se tamizaron por tamaño (fracciones: <20µm, 20-60µm, 60-150µm y >150µm), cuantificándose por qPCR el número de copias del gen mcyJ en las distintas fracciones. En todas las muestras evaluadas se detectó el gen mcyJ, indicando que todas las comunidades de Microcystis analizadas eran potencialmente tóxicas. Asimismo, se observó una correlación positiva entre la abundancia total de células tóxicas y la temperatura del agua, por encima de 26,5°C la abundancia se mantuvo constante. En todos los casos, las fracciones coloniales >150µm y <20µm tuvieron un número significativamente mayor de células tóxicas. Sin embargo, solo las <20µm presentaron un comportamiento similar al de la comunidad total en relación a la temperatura, sugiriendo que era la fracción dominante y probablemente más activa de la comunidad durante la floración.