Involucrado en los episodios de pérdidas de colonias de abejas reportados alrededor del mundo, el ácaro Varroa destructor es la principal amenaza biótica de Apis mellifera. Este parásito obligado se alimenta de los cuerpos grasos de las pupas, reduciendo la vida media de las abejas y transmitiendo diversos virus. Su letalidad lleva a la muerte de las colonias si no son tratadas con acaricidas a tiempo. Sin embargo, en nuestro país existe una población de abejas que sobreviven naturalmente a la parasitación con este ácaro sin necesidad de tratamientos. Este fenómeno podría deberse a la presencia de diferentes cepas o variantes de los virus transmitidos por V. destructor. El objetivo de este trabajo es caracterizar los virus presentes en colonias de A. mellifera sobrevivientes y susceptibles a V. destructor. Para ello se utilizó un protocolo de enriquecimiento de partículas virales puesto a punto en la sección genética y que fue exitoso para analizar abejas. Posteriormente se realizó la secuenciación masiva a partir de muestras de abejas de colonias sobrevivientes y susceptibles a V. destructor. Los resultados permitieron realizar la caracterización genómica de los principales virus de interés apícola: Acute Bee Paralysis Virus, Black Queen Cell Virus, Deformed Wing Virus y Sacbrood Virus y contigs de algunos virus que aún no se habían detectado en nuestro país, como el Lake Sinai virus y el Apis mellifera filamentous virus. Este trabajo nos permitirá estudiar en profundidad los perfiles virales de las colonias sobrevivientes y susceptibles a V. destructor de nuestro país.