Circovirus porcino tipo 3 (PCV3, por sus siglas en inglés) es un nuevo virus del género Circovirus reportado por primera vez a fines de 2016 en casos de síndrome de dermatitis y nefropatía porcina, miocarditis y fallo reproductivo en cerdas. Previamente, solo se conocían dos especies de Circovirus Porcinos, PCV1 y PCV2, siendo este último uno de los virus de mayor relevancia económica para la industria porcina. Dado su estrecho relacionamiento con PCV2 y su hallazgo en animales que presentaban patologías severas, PCV3 fue objeto de estudio de numerosas investigaciones desde su detección hasta la fecha. Las mismas no han logrado esclarecer completamente el posible rol patogénico de PCV3, pero han permitido identificarlo en un gran número de países. Adicionalmente, permitieron el acceso a las secuencias genómicas de PCV3, que junto con la importancia de una clasificación taxonómica precisa para un correcto análisis y comprensión de la epidemiología viral, impulsaron la aparición de diversos sistemas de clasificación para las cepas reportadas. Este trabajo tiene como objetivo detectar ADN de PCV3 en muestras de cerdos domésticos y jabalíes provenientes de diferentes regiones del país, así como también caracterizar genéticamente las cepas detectadas. Para ello se puso a punto un ensayo para la detección específica de PCV3 basado en PCR convencional y un protocolo de caracterización molecular basado en Nested-PCR y PCR convencional, al que se sometieron las muestras positivas. El mismo consistió en la amplificación de porciones genómicas (ORF2 y ORF1-3) que contienen motivos de secuencia relevantes para la clasificación de las cepas virales, según se establece en la bibliografía previa. De esta manera, de 54 muestras sometidas al protocolo de detección, se identificaron 10 positivas para PCV3 provenientes de cerdos domésticos (8), tanto asintomáticos como con sintomatología clínica, y jabalíes (2). Del total de muestras positivas, se logró caracterizar 8 a través los motivos presentes en su secuencia aminoacídica, identificándose 1 muestra del grupo PCV3a y 7 PCV3b (6 b1 y 1 b2). No se pudo determinar a qué subgrupo pertenece la muestra PCV3a. La construcción de los árboles filogenéticos que representan las relaciones entre las cepas uruguayas y las provenientes de otros países, extraídas de GenBank, no reveló la presencia de dos grupos monofiléticos con buen soporte estadístico que puedan asociarse a PCV3a y PCV3b. No se apreciaron diferencias topológicas significativas al utilizarse distintos métodos de inferencia filogenética, ni al añadir o quitar información genética empleando sólo las secuencias parciales del ORF2 o su secuencia completa y la porción ORF1-3. Este trabajo constituye el primer reporte de detección de PCV3 en muestras de cerdos domésticos y jabalíes de Uruguay, proporcionando evidencia acerca de su distribución globalizada y su identificación en especies salvajes que pueden funcionar como reservorio natural del virus. Asimismo, provee herramientas moleculares adaptadas y efectivas para la detección específica de PCV3 y su caracterización, que pueden ser empleadas en estudios posteriores, y aporta evidencia consistente con la bibliografía acerca de la clasificación de las cepas detectadas.