En Uruguay, la garrapata Rhipicephalus microplus y la tristeza parasitaria bovina causan importantes pérdidas productivas y económicas anuales estimadas en más de 32,7 millones de dólares. Siendo babesiosis y anaplasmosis las enfermedades en bovinos con mayor demanda de diagnóstico en la región norte del Uruguay. Debido a la inestabilidad enzoótica que presenta esta zona del país, los brotes de babesiosis (causados por Babesia bovis y B. bigemina) y anaplasmosis (provocados por Anaplasma marginale) son muy frecuentes, contabilizando gran número de animales muertos anualmente. Entendiendo la importancia que tienen estas enfermedades para el uruguay y la región, los objetivos de este trabajo fueron: 1) fortalecer el diagnóstico de la tristeza parasitaria bovina validando una PCR multiplex (PCRm) para la detección de los tres agentes. 2) Generar información epidemiológica actualizada de los brotes de babesiosis y anaplasmosis ocurridos en la región noreste del Uruguay. 3) Caracterizar genéticamente las cepas de A. marginale identificados en casos clínicos de anaplasmosis. Para estos trabajos fueron utilizadas muestras de sangre con EDTA K+ y/o órganos refrigerados de casos clínicos sospechosos de tristeza parasitaria, enviados por veterinarios de libre ejercicio al laboratorio DILAVE- Paysandú. El diagnóstico se realizó en base a frotis coloreados con Giemsa y confirmados con la PCRm desarrollada en este trabajo. Para la validación de la PCRm se utilizó método estadístico Bayesiano en ausencia de una prueba de referencia. Con la inclusión de esta técnica molecular se aumentó la precisión para la detección los agentes de la tristeza parasitaria. Se describieron brotes de babesiosis y anaplasmosis diagnosticados en la región norte del uruguay, reportando un incremento de la frecuencia de brotes de anaplasmosis (comparado con datos históricos). Se observó clara estacionalidad (otoñal) para los brotes de babesiosis, mientras que los brotes causados por A. marginale se presentaron durante todo el año. Se analizaron asociaciones de riesgos, remarcando que el uso de inyectables colectivos sin medidas de higiene representó un riesgo significativo para la presentación de brotes de anaplasmosis. Debido a la importancia e incremento de los casos de anaplasmosis bovina, se caracterizaron genéticamente las cepas de A. marginale detectadas en bovinos clínicamente enfermos. La caracterización se realizó en base al análisis de microsatélites y repetidos en tándem (RT) del fragmento de la Proteína Mayor de Superficie 1a (MSP1a). Se registraron cuatro genotipos distintos en base a la estructura de microsatélites, siendo el genotipo E él más observado. Analizando la estructura de los RT se reportaron 30 genotipos diferentes de A. marginale, siendo τ-10-15 el más prevalente. La estructura aminoacídica de los RT brinda información molecular sobre la capacidad del genotipo de ser transmitido por garrapatas. En nuestro trabajo encontramos que el 46% de los genotipos no tendría la capacidad de ser transmitidas por garrapatas, siendo importante más investigaciones para identificar con precisión los vectores mecánicos de esta enfermedad.