El presente trabajo de investigación consiste en un estudio descriptivo analítico sobre la Reforma del Sistema Nacional de Salud. Nuestro foco está en sus nuevos mecanismos de asignación de recursos, metas asistenciales, y su impacto sobre la estructura organizativa de los prestadores de salud y sobre los objetivos del sistema de salud. Para llevar a cabo este trabajo hemos reunido información sobre la composición y los resultados de la implementación de metas asistenciales por el período que va desde el año 2008 a 2011. Asimismo, contamos con entrevistas a actores calificados quienes nos brindaron su opinión acerca del tema. Concluimos que las metas resultaron un estímulo para los prestadores en lo que respecta al cumplimiento con ciertos objetivos que favorecen al sistema sanitario. El nuevo sistema de asignación favorece la eficiencia sanitaria de los prestadores de salud, pero no parece favorecer la complementación asistencial, que es un objetivo central del SNIS. Todavía se perciben debilidades en los mecanismos de fiscalización y control de metas asistenciales. Los prestadores demandan más personal (recursos humanos) para mejorar sus sistemas de información y para llevar a cabo las tareas administrativas.