Los endófitos del género Epichloë (Clavicipitaceae) infectan gramíneas de zonas templadas. Estos endófitos pueden conferir ventajas adaptativas frente a estreses y herbivoría, atribuible en parte a la capacidad de producir diferentes clases de alcaloides. Debido a los beneficios que los hospederos pueden recibir de la simbiosis, los endófitos del género Epichloë han sido ampliamente estudiados y se consideran componentes importantes de la agricultura sostenible, existiendo pocos estudios sobre la incidencia endófita en pastos nativos del hemisferio sur. Aquí, presentamos el primer estudio a nivel nacional de caracterización de endófitos nativos asociados a 83 poblaciones de Bromus auleticus. El estudio de la diversidad de endófitos presentó un abordaje multifacético de: i) análisis genéticos para identificar genotipos mediante la detección por PCR multiplex de genes asociados a la biosíntesis de alcaloides y tipo de apareamiento, ii) aislar en medio axénico endófitos correspondientes a cada genotipo identificado para realizar una caracterización morfológica, iii) analizar la expresión de alcaloides (peramina, chanoclavina I y ergovalina) por HPLC, e iv) identificar a partir de los endófitos prevalentes que genotipos presentaban acción disuasiva a Rhopalosiphum padi mediante ensayos de antibiosis . Encontramos que el 70% de las poblaciones presentaron infección, con incidencias de 17 al 100%. Se determinó la existencia de diversidad endofítica tanto inter como intrapoblacional (9 poblaciones con dos genotipos de endófitos). En total se identificaron nueve genotipos con diferentes capacidades toxicogénicas potenciales. La caracterización química y morfológica de los genotipos permitió inferir a los linajes que les dieron origen. Estos elementos apoyan la hipótesis sobre la presencia de linajes no descriptos aún en esta gramínea hospedera. El ensayo de antibiosis logró identificar la acción antiáfido para el genotipo productor de lolinas. Este endófito pasa a ser una de las opciones más atractivas a considerar como herramienta en un programa de mejoramiento de Bromus auleticus para obtener cultivares con buenas características agronómicas.