El objetivo del presente trabajo de investigación es realizar un análisis crítico de la normativa fiscal vigente en Uruguay vinculada a la actividad agropecuaria, la cual constituiría la principal fuente de contaminación del agua por nitratos, fosfatos y plaguicidas. Uruguay ha reconocido en los últimos años la importancia de incorporar a su legislación normas, tanto legales como reglamentarias, que inciden en el actuar de los agentes económicos como forma de mitigar el efecto negativo del accionar humano en el ambiente, en procura de la preservación de los recursos naturales. La calidad del agua es uno de los desafíos principales en nuestro país, considerando la eutrofización de los cuerpos de agua, derivado en mayor medida de las actividades agropecuarias. El análisis crítico de las medidas fiscales que regulan el sector agropecuario, a través de una revisión exhaustiva de bibliografía referente al tema de investigación, bases normativas, experiencia internacional y entrevistas con expertos en la materia, permite concluir que el actual sistema tributario incentiva prácticas perjudiciales para el ambiente y específicamente sobre la calidad del agua en Uruguay. En virtud de lo anterior, se proponen una serie de medidas que buscan armonizar el sistema tributario actual con los objetivos de protección del ambiente mencionados, generando estímulos que lleven a un cambio en el accionar de los agentes que conforman el sector agropecuario. Este trabajo pretende servir de herramienta y disparador para abordar estos problemas desde un punto de vista académico y que pueda, a su vez, extenderse a otros ámbitos de discusión.