Identificación de nuevas proteínas de división celular de Mycobacteriales mediante proteómica de proximidad en células vivas

Rodríguez Taño, Azalia

Supervisor(es): Durán Muñoz, Rosario - Salinas, Gustavo

Resumen:

La división celular bacteriana es un proceso esencial y altamente regulado, en el que participan dos complejos multiproteicos: el elongasoma y el divisoma. Estos complejos constituyen la maquinaria celular responsable de llevar a cabo la elongación y la división celular respectivamente, y han comenzado a ser caracterizados en bacilos modelo como Escherichia coli y Bacillus subtilis. Sin embargo, en bacterias del orden Mycobacteriales, estos procesos presentan particularidades asociadas a su modo de crecimiento polar asimétrico y a su envoltura celular compleja. De hecho, este grupo de bacterias carece de proteínas homólogas a muchos de los componentes esenciales del elongasoma y del divisoma en los organismos modelo. Con respecto al divisoma, si bien su proteína central, FtsZ (del inglés, Filamenting temperature sensitive mutant Z), está altamente conservada, muchos de los componentes que se reclutan a este complejo en los modelos clásicos, incluidas las proteínas que anclan el anillo Z a la membrana, están ausentes en los genomas de las Mycobacteriales. Más aún, a diferencia de otras bacterias, existen sólidas evidencias de que la fosforilación de proteínas juega un rol clave en la regulación de la elongación y la división celular en este grupo de bacterias. En esta tesis, nos propusimos identificar las proteínas que cumplen las funciones de las piezas faltantes en la maquinaria de división celular de Mycobacteriales y evaluar el posible rol de la fosforilación de proteínas en este proceso. Para ello, se exploró el entorno proteómico de FtsZ en células vivas bajo diferentes contextos de fosforilación. Con este objetivo, se desarrolló y validó una estrategia proteómica basada en biotinilación por proximidad mediante el uso de una ascorbato peroxidasa ingenierizada en células vivas, utilizando a Corynebacterium glutamicum como organismo modelo. La aplicación de esta estrategia permitió identificar un conjunto de proteínas vecinas de FtsZ en condiciones fisiológicas. Entre ellas, se destacan proteínas de división celular previamente reportadas, lo que valida la estrategia experimental empleada, así como nuevas proteínas de membrana cuya función en el ensamblaje del divisoma es aún desconocida. Para este último grupo, se confirmó su localización en el septo, lo que las posiciona como posibles nuevos integrantes del divisoma en Mycobacteriales. Por otro lado, utilizando una cepa knockout para una de las quinasas Ser/Thr involucradas en el control de la división celular, se evidenciaron cambios fenotípicos asociados a defectos en la división celular, así como cambios en la composición del entorno proteómico de FtsZ, lo que permite comenzar a comprender el rol de la fosforilación de proteínas en la composición y el funcionamiento del divisoma en Mycobacteriales. En conjunto, este trabajo aporta una estrategia novedosa para estudiar interacciones proteína-proteína en bacterias vivas del orden Mycobacteriales y demuestra su aplicabilidad para caracterizar la arquitectura molecular del divisoma. Los resultados obtenidos amplían el conocimiento actual sobre la composición del divisoma de C.glutamicum, y evidencian la importancia de la fosforilación mediada por PknA en la regulación de la división celular.

Detalles Bibliográficos
2026
División celular
Bacterias
Interactómica
Proteómica
Mycobacteriales
Proteínas
Español
Universidad de la República
COLIBRI
https://hdl.handle.net/20.500.12008/56194
Acceso abierto
Licencia Creative Commons Atribución - No Comercial - Sin Derivadas (CC - By-NC-ND 4.0)
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dc.description.tableofcontents.es.fl_txt_mv 1 – ABREVIACIONES -- 2 – RESUMEN -- 3 – INTRODUCCIÓN -- 3.1 Crecimiento y división celular bacteriana -- 3.1.1 FtsZ: estructura, conservación y función en la división celular bacteriana -- 3.1.1.1 Dinámica de ensamblaje y polimerización de FtsZ -- 3.1.1.2 Factores que afectan el posicionamiento del anillo Z, su polimerización y ensamblaje -- 3.1.2 Elongasoma y divisoma: Proteínas que participan en su ensamblaje y activación -- 3.2 Crecimiento y división celular en Mycobacteriales: un modelo alternativo a los organismos modelo -- 3.2.1 Estructura de la envoltura celular de los Mycobacteriales -- 3.2.2 Elongación polar asimétrica -- 3.2.3 Elongasoma y divisoma en Mycobacteriales: Proteínas que participan en su ensamblaje y activación -- 3.2.4 El rol de la fosforilación de proteínas en la división celular de los Mycobacteriales -- 3.2.5 Corynebacterium glutamicum como modelo -- 3.3. Proteómica basada en espectrometría de masas -- 3.4 Estrategias interactómicas basadas en espectrometría de masas -- 3.4.1 Estrategia de marcado por proximidad acoplada a espectrometría de masas -- 4 – HIPÓTESIS Y OBJETIVOS -- 5 – MATERIALES Y MÉTODOS -- 5.1. Cpas bacterianas -- 5.1.1 Obtención y clonado de las cpas bacterianas -- 5.1.1.1 Amplificación de los genes de interés por PCR -- 5.1.1.2 Visualización de los fragmentos amplificados por electroforesis -- 5.1.1.3 Unión de los fragmentos de ADN por la reacción de Gibson -- 5.1.1.4 Evaluación de la efectividad de las colonias crecidas por PCR de colonias y electroforesis -- 5.1.1.5 Purificación y secuenciación de colonias positivas -- 5.1.1.5 Obtención de células electrocompetentes de Corynebacterium glutamicum -- 5.1.1.6 Transformación en células competentes de Corynebacterium glutamicum -- 5.2 Cultivos celulares -- 5.3 Morfología celular y número de septos por microscopía confocal -- 5.4 Curvas de crecimiento -- 5.5 Obtención de extractos proteicos y cuantificación de proteínas totales -- 5.6 Western blot -- 5.7 Análisis de los proteomas totales por MS -- 5.7.1 Nano-HPLC-MS/MS -- 5.7.2 Análisis bioinformático de datos proteómicos -- 5.8 Marcaje con fenol biotina en las células vivas -- 5.9 Digestión de proteínas y purificación de péptidos biotinilados -- 5.10 Análisis bioinformático de datos proteómicos obtenidos por la estrategia APEX -- 5.11 Localización subcelular de las proteínas seleccionadas por microscopía confocal -- 5.12 Morfología celular de la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ por microscopía confocal -- 6 – RESULTADOS -- 6.1 Desarrollo y validación de una estrategia de marcado por proximidad en las células vivas en C. glutamicum -- 6.1.1 Caracterización de la cepa que sobreexpresa FtsZ -- 6.1.1.1 La morfología celular de la cepa C.glu_apex2-ftsZ depende de los niveles de expresión de FtsZ -- 6.1.1.2 La sobreexpresión de FtsZ no afectó la curva de crecimiento -- 6.1.1.3 APEX2-FtsZ y APEX2 se expresan correctamente -- 6.1.1.4 La sobreexpresión de FtsZ no produce grandes cambios proteómicos -- 6.1.2 Caracterización del marcado de proteínas en las cepas que expresan APEX2 -- 6.1.2.1 APEX2 es activa en el contexto bioquímico de C. glutamicum -- 6.1.2.2 La biotinilación por APEX2 ocurre en las células vivas -- 6.1.2.3 El pulso de H2O2 no afectó la oxidación de metioninas -- 6.1.2.4 Detección y confirmación de péptidos biotinilados -- 6.2 Identificación de proteínas vecinas de FtsZ en C. glutamicum -- 6.3 Validación de la localización subcelular de las proteínas candidatas: localización en el septo -- 6.4 Exploración del rol de la fosforilación de proteínas en el ensamblaje del divisoma de C. glutamicum -- 6.4.1 APEX2_FtsZ se expresa correctamente en la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ -- 6.4.2 APEX2 es activa en la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ -- 6.4.3 Morfología celular de la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ por microscopía confocal -- 6.4.4 Análisis proteómico comparativo de los niveles de FtsZ en las cepas C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ y C.glu_apex2-ftsZ -- 6.4.5 Evaluación del entorno proteómico de FtsZ en la cepa C.glu deficiente en PknA -- 7 – DISCUSIÓN Y CONCLUSIONES -- 8 – BIBLIOGRAFÍA -- 9 – ANEXOS -- 10 – AGRADECIMIENTOS
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De hecho, este grupo de bacterias carece de proteínas homólogas a muchos de los componentes esenciales del elongasoma y del divisoma en los organismos modelo. Con respecto al divisoma, si bien su proteína central, FtsZ (del inglés, Filamenting temperature sensitive mutant Z), está altamente conservada, muchos de los componentes que se reclutan a este complejo en los modelos clásicos, incluidas las proteínas que anclan el anillo Z a la membrana, están ausentes en los genomas de las Mycobacteriales. Más aún, a diferencia de otras bacterias, existen sólidas evidencias de que la fosforilación de proteínas juega un rol clave en la regulación de la elongación y la división celular en este grupo de bacterias. En esta tesis, nos propusimos identificar las proteínas que cumplen las funciones de las piezas faltantes en la maquinaria de división celular de Mycobacteriales y evaluar el posible rol de la fosforilación de proteínas en este proceso. 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Por otro lado, utilizando una cepa knockout para una de las quinasas Ser/Thr involucradas en el control de la división celular, se evidenciaron cambios fenotípicos asociados a defectos en la división celular, así como cambios en la composición del entorno proteómico de FtsZ, lo que permite comenzar a comprender el rol de la fosforilación de proteínas en la composición y el funcionamiento del divisoma en Mycobacteriales. En conjunto, este trabajo aporta una estrategia novedosa para estudiar interacciones proteína-proteína en bacterias vivas del orden Mycobacteriales y demuestra su aplicabilidad para caracterizar la arquitectura molecular del divisoma. 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Proteómica basada en espectrometría de masas -- 3.4 Estrategias interactómicas basadas en espectrometría de masas -- 3.4.1 Estrategia de marcado por proximidad acoplada a espectrometría de masas -- 4 – HIPÓTESIS Y OBJETIVOS -- 5 – MATERIALES Y MÉTODOS -- 5.1. Cpas bacterianas -- 5.1.1 Obtención y clonado de las cpas bacterianas -- 5.1.1.1 Amplificación de los genes de interés por PCR -- 5.1.1.2 Visualización de los fragmentos amplificados por electroforesis -- 5.1.1.3 Unión de los fragmentos de ADN por la reacción de Gibson -- 5.1.1.4 Evaluación de la efectividad de las colonias crecidas por PCR de colonias y electroforesis -- 5.1.1.5 Purificación y secuenciación de colonias positivas -- 5.1.1.5 Obtención de células electrocompetentes de Corynebacterium glutamicum -- 5.1.1.6 Transformación en células competentes de Corynebacterium glutamicum -- 5.2 Cultivos celulares -- 5.3 Morfología celular y número de septos por microscopía confocal -- 5.4 Curvas de crecimiento -- 5.5 Obtención de extractos proteicos y cuantificación de proteínas totales -- 5.6 Western blot -- 5.7 Análisis de los proteomas totales por MS -- 5.7.1 Nano-HPLC-MS/MS -- 5.7.2 Análisis bioinformático de datos proteómicos -- 5.8 Marcaje con fenol biotina en las células vivas -- 5.9 Digestión de proteínas y purificación de péptidos biotinilados -- 5.10 Análisis bioinformático de datos proteómicos obtenidos por la estrategia APEX -- 5.11 Localización subcelular de las proteínas seleccionadas por microscopía confocal -- 5.12 Morfología celular de la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ por microscopía confocal -- 6 – RESULTADOS -- 6.1 Desarrollo y validación de una estrategia de marcado por proximidad en las células vivas en C. glutamicum -- 6.1.1 Caracterización de la cepa que sobreexpresa FtsZ -- 6.1.1.1 La morfología celular de la cepa C.glu_apex2-ftsZ depende de los niveles de expresión de FtsZ -- 6.1.1.2 La sobreexpresión de FtsZ no afectó la curva de crecimiento -- 6.1.1.3 APEX2-FtsZ y APEX2 se expresan correctamente -- 6.1.1.4 La sobreexpresión de FtsZ no produce grandes cambios proteómicos -- 6.1.2 Caracterización del marcado de proteínas en las cepas que expresan APEX2 -- 6.1.2.1 APEX2 es activa en el contexto bioquímico de C. glutamicum -- 6.1.2.2 La biotinilación por APEX2 ocurre en las células vivas -- 6.1.2.3 El pulso de H2O2 no afectó la oxidación de metioninas -- 6.1.2.4 Detección y confirmación de péptidos biotinilados -- 6.2 Identificación de proteínas vecinas de FtsZ en C. glutamicum -- 6.3 Validación de la localización subcelular de las proteínas candidatas: localización en el septo -- 6.4 Exploración del rol de la fosforilación de proteínas en el ensamblaje del divisoma de C. glutamicum -- 6.4.1 APEX2_FtsZ se expresa correctamente en la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ -- 6.4.2 APEX2 es activa en la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ -- 6.4.3 Morfología celular de la cepa C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ por microscopía confocal -- 6.4.4 Análisis proteómico comparativo de los niveles de FtsZ en las cepas C.glu_Δpkna_apex2-ftsZ y C.glu_apex2-ftsZ -- 6.4.5 Evaluación del entorno proteómico de FtsZ en la cepa C.glu deficiente en PknA -- 7 – DISCUSIÓN Y CONCLUSIONES -- 8 – BIBLIOGRAFÍA -- 9 – ANEXOS -- 10 – AGRADECIMIENTOS198 p.application/pdfesspaUdelar. FQLas obras depositadas en el Repositorio se rigen por la Ordenanza de los Derechos de la Propiedad Intelectual de la Universidad de la República.(Res. Nº 91 de C.D.C. de 8/III/1994 – D.O. 7/IV/1994) y por la Ordenanza del Repositorio Abierto de la Universidad de la República (Res. Nº 16 de C.D.C. de 07/10/2014)info:eu-repo/semantics/openAccessLicencia Creative Commons Atribución - No Comercial - Sin Derivadas (CC - By-NC-ND 4.0)División celularBacteriasInteractómicaProteómicaMycobacterialesProteínasIdentificación de nuevas proteínas de división celular de Mycobacteriales mediante proteómica de proximidad en células vivasTesis de doctoradoinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionreponame:COLIBRIinstname:Universidad de la Repúblicainstacron:Universidad de la RepúblicaRodríguez Taño, AzaliaDurán Muñoz, RosarioSalinas, GustavoUniversidad de la República (Uruguay). 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