La inmunosupresión de las aves es un problema grave en la avicultura mundial. Esta causado por diversos factores, entre los que se incluyen las condiciones ambientales inadecuadas, toxinas en el alimento, estrés por vacunación o sobrepoblación, y la presencia de patógenos. Los patógenos más relevantes son aquellos que inciden directamente sobre los órganos linfoides de las aves, afectando la productividad, la susceptibilidad a otras infecciones y la eficacia de las vacunas. Entre ellos se destacan, por sus efectos adversos y alta prevalencia global, el virus de Gumboro (IBDV), el virus de la anemia infecciosa aviar (CAV) y el virus de Marek (MDV). Esta Tesis se centra en el análisis genómico y patogénico de IBDV y su relación con CAV y MDV, virus con los cuales coinfecta frecuentemente. El objetivo principal es contribuir al control de estos virus inmunosupresores en la industria avícola regional. Para cumplir con estos objetivos se desarrollaron metodologías de caracterización genética y fenotípicas que se aplicaron en virus circulante en Uruguay y Argentina. En el capítulo 1, se analizó la patogenicidad de la cepa Distinct (principal cepa de IBDV circulante en Uruguay hasta el inicio de la tesis) en aves SPF de dos semanas, utilizando una cepa Clásica como control. La cepa Distinct mostró características distintivas: se registró una aparición temprana de signos clínicos, una atrofia bursal más marcada y una mayor carga viral en los tejidos linfoides analizados, aunque no hubo mortalidad. Estos hallazgos sugieren que las cepas Distinct tienen un potencial de virulencia significativo. Se discute el efecto de estas cepas en la salud avícola regional y su relevancia para el desarrollo de estrategias de control y prevención de la enfermedad. En el capítulo 2, se identificaron casos positivos de IBDV, CAV y MDV en muestras de campo uruguayas, y se realizó una caracterización primaria de las cepas de IBDV mediante secuenciación y análisis de la región hipervariable de VP2. Como resultado, se detectó el genoma de IBDV en el 90% de las muestras analizadas, y se identificaron cepas pertenecientes a tres genogrupos circulantes: A1 (cepas clásicas), A4 (cepas Distinct) y A8 (cepas clásicas atenuadas). Además, se observó coinfección con CAV o MDV en el 44% de las muestras positivas para IBDV. En el capítulo 3, se aplicaron metodologías de secuenciación masiva con abordaje virómico para obtener las secuencias genómicas completas de IBDV y detectar coinfecciones con otros virus aviares. Se aplicaron protocolos de enriquecimiento viral a cinco cepas uruguayas de IBDV, pertenecientes a los genogrupos A4 y A1, obteniendo buenos resultados en cuatro de las muestras, aunque con limitaciones en aquellas con baja carga viral. Utilizando nuevos esquemas de clasificación que consideran ambos segmentos genómicos de IBDV, dos cepas fueron asignadas al genotipo A4B1 (cepas Distinct) y una al genotipo A1B1 (cepas clásicas), mientras que la cuarta cepa fue identificada como reordenante. Además, se detectó coinfección de IBDV con otros virus en tres de las muestras analizadas. En el capítulo 4, se desarrolló una metodología de enriquecimiento basada en Multiplex- PCR acoplada a secuenciación masiva para obtener los genomas completos de IBDV. Se diseñaron cebadores quiméricos con la secuencia adaptadora de Illumina en el extremo 5′, que amplifican regiones de 200 a 300 pb y permiten la reconstrucción del genoma completo de IBDV. Para estandarizar esta metodología, se utilizaron cepas de diferentes genotipos y cargas virales. Esta técnica reduce costos y tiempo de secuenciación, además de ser eficiente para obtener secuencias genómicas completas en cepas de diversos genotipos y muestras con bajas cargas virales. Se aplicó con éxito en muestras de campo uruguayas y argentinas, lo que permitió la caracterización genómica de todas las cepas y de un nuevo genotipo de IBDV (A2dB1b) que ha ingresado a la región. Además, esta metodología detectó variantes intrahospedero, revelando coinfecciones entre diferentes cepas de IBDV en muestras de campo. En el capítulo 5, se desarrollaron metodologías de enriquecimiento, basadas en Multiplex-PCR, acoplada a secuenciación masiva para la secuenciación de regiones genómicas de CAV y MDV, virus con genoma de ADN que coinfectan con IBDV en un alto porcentaje de aves productivas uruguayas. Se diseñaron cebadores quiméricos para obtener el genoma completo de CAV y se utilizaron cebadores previamente diseñados para MDV, que permiten secuenciar genes implicados en oncogenicidad y patogenicidad viral. Las metodologías se estandarizaron con cepas vacunales y se aplicaron exitosamente a muestras de campo de Uruguay y Argentina, permitiendo su caracterización genética. Esta información es crucial, ya que la presencia conjunta de estos virus podría afectar significativamente la patogenicidad y el control del IBDV. Los resultados de esta tesis han permitido comprender la diversidad y la patogenicidad de las cepas de IBDV que circulan en Uruguay y Argentina. También han brindado un marco metodológico sólido para la caracterización de otros virus aviares que coinfectan a las aves. Esta investigación tiene el potencial de colaborar en el establecimiento de futuras estrategias de control y prevención, fortaleciendo así la salud avícola en la región y reduciendo las pérdidas económicas asociadas con estas infecciones virales.