Los embalses eutróficos favorecen el desarrollo de floraciones fitoplanctónicas nocivas, las cuales pueden ser descargadas en cursos fluviales y llegar a zonas pobladas y plantas de potabilización. En Uruguay existen más de 1300 embalses agropecuarios, generalmente asociados al uso intensivo del suelo. En estos embalses no existe un monitoreo sistemático dado su gran número y difícil acceso. El Río Santa Lucía (RSL), principal fuente de agua potable del país, cuenta con antecedentes de floraciones fitoplanctónicas. Resultados recientes indican que los embalses productivos de la cuenca contribuirían al aporte de fitoplancton al RSL. En esta tesis se evaluaron 14 embalses agropecuarios de la cuenca del RSL para conocer su estado trófico y los factores ambientales relacionados con la presencia de floraciones fitoplanctónicas. También se exploraron metodologías de detección in situ mediante fluorescencia y reflectancias captadas por teléfonos inteligentes para su uso ciudadano. Los embalses fueron en su mayoría hipereutróficos y productores de elevadas biomasas de fitoplancton, destacándose la presencia de cianobacterias potencialmente tóxicas. El nitrógeno fue la principal variable explicadora de la ocurrencia de las floraciones de cianobacterias en un contexto de concentraciones de fósforo extremas. La fluorescencia in vivo aplicada a embalses turbios para estimar clorofila a presentó un buen desempeño, lo cual reafirma su confiabilidad para su utilización en los niveles guía de la OMS. Las reflectancias obtenidas con teléfonos inteligentes presentaron resultados prometedores, aunque las limitaciones operativas dificultan su utilización en embalses agropecuarios, restringiendo un posible uso en el monitoreo ciudadano. Ante el creciente número de embalses en zonas de uso intensivo del suelo, será clave la implementación de sistemas de monitoreo de fitoplancton que permitan la toma de acciones tempranas para minimizar los riesgos de eutrofización y de aporte de organismos nocivos a cursos fluviales.