Las micotoxinas son metabolitos secundarios tóxicos producidos por hongos toxicogénicos, como Aspergillus spp., Penicillium spp. y Fusarium spp. Estas pueden desarrollarse en una gran variedad de productos agrícolas y su acumulación en los alimentos destinados a consumo humano y animal representa una amenaza para la salud, debido a su efecto carcinogénico, mutagénico e inmunosupresor. Aspergillus spp. produce diferentes micotoxinas, entre las que se destacan las aflatoxinas y de estas la aflatoxina B1 (AFB1). Pueden ser ingeridas por los animales lecheros a través de alimentos contaminados, se absorben rápidamente por vía gastrointestinal y son biotransformadas en el hígado en diferentes metabolitos. El más importante es la aflatoxina M1 (AFM1), que se excreta a través la leche. Se ha demostrado que, como la AFM1 tiene mayor afinidad por las proteínas de la leche, en los quesos se distribuye de manera desigual entre el suero y la cuajada, con mayor concentración en esta última. Asimismo, diferentes autores determinaron que las aflatoxinas son estables en los procesos productivos utilizados normalmente para la elaboración de quesos como la pasteurización y maduración. Cuando se usa leche contaminada con AFM1 para hacer queso, ésta se encuentra en el producto lácteo a niveles 2,5 a 5,8 veces más altos que en la leche utilizada para su elaboración. Los quesos artesanales en Uruguay son elaborados con leche producida en el predio exclusivamente y se destinan al mercado interno, estimando su producción en 14.000 toneladas al año, aproximadamente el 50% del volumen total de queso consumido en el país. El objetivo de este trabajo fue determinar los niveles de aflatoxinas presentes en 69 muestras de quesos artesanales producidos en la zona sur oeste del país por el método de ELISA y comparar con los límites establecidos por la normativa nacional e internacional. También se analizaron los siguientes parámetros fisicoquímicos: pH, cloruros, aw y materia grasa de todas las muestras de quesos y se evaluó si existía correlación lineal entre estos parámetros y la presencia de AFM1. En la totalidad de las muestras se detectó la presencia de AFM1, sin embargo, ninguna muestra presentó niveles superiores a los permitidos por la normativa nacional. Tampoco se encontró correlación lineal entre los niveles de AFM1 y los parámetros fisicoquímicos de los quesos. Este estudio nos permite concluir que a pesar de los bajos niveles de contaminación de AFM1, la presencia de estos metabolitos en todas las muestras y el gran consumo de quesos artesanales, en nuestro país, sería recomendable realizar un monitoreo de los niveles de AFM1. En este sentido, se debería hacer énfasis en la prevención y control de contaminación con AFB1 del alimento para el ganado lechero mediante la aplicación de buenas prácticas agrícolas en los establecimientos productores.