Ramularia collo-cygni (Rcc) es el agente causal de ramulariosis. La principal medida para su manejo es la utilización de fungicidas foliares cuyo impacto en la inocuidad del grano es desconocido. Por esta razón, el objetivo de la tesis fue optimizar en base a fungicidas el manejo de ramulariosis en cebada y minimizar el contenido de estos en grano. Los objetivos específicos fueron: i) validar un método de detección y cuantificación de Rcc en semilla y plántula mediante PCR en tiempo real (PCR-TR), ii) determinar la importancia de la semilla como fuente de inóculo de Rcc en el cultivo en sistemas de producción de Uruguay, iii) desarrollar una metodología de determinación de los residuos de fungicidas usados para el control de ramulariosis en grano de cebada y iv) identificar estrategias de aplicación de fungicidas foliares para minimizar ramulariosis y garantizar la inocuidad en relación con fungicidas en el grano producido. Se validó la técnica PCR-TR para la detección y cuantificación de Rcc en semillas y plántulas de cebada. Esta técnica de PCR-TR permitirá determinar el momento óptimo de intervención con fungicidas foliares mediante la detección de Rcc en plántulas. La concentración de ADN de Rcc de lotes comerciales varió dentro y entre zafras, lo que evidencia la importancia de esta herramienta para la cuantificación de la carga fúngica previo a la siembra. Se desarrolló un método para cuantificar residuos de fungicidas en grano de cebada. Esta metodología se amplió para cuantificar fungicidas en grano de trigo y micotoxinas producidas por el género Fusarium. Esta metodología analítica podría ser útil para monitorear el cumplimiento de los límites máximos de residuos (LMR) en la producción de cereales de invierno. Se evaluaron estrategias con fungicida foliares para el control de ramulariosis en cinco experimentos durante tres años consecutivos. Se comprobó la eficiencia de los fungicidas en el control de la enfermedad y en garantizar la inocuidad del grano, con niveles de residuos de fungicidas por debajo de los LMR. Los resultados contribuyen al manejo de ramulariosis con herramientas para disminuir el uso de fungicidas y asegurar la inocuidad en los granos de cebada.