El Río Negro es el río más importante dentro del territorio de Uruguay. Su curso es aprovechado para la producción de energía y para el desarrollo de actividades productivas e industriales. Este río presenta grandes extensiones de bosques ribereños asociados, los cuales albergan gran diversidad de especies vegetales animales constituyendo ambientes de interés para su conservación. A pesar de esto, solo una pequeña parte del curso final del río está en proyecto de ser integrada al Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP). Las arañas son un grupo megadiverso cuya distribución y abundancia responde a factores ambientales, así como a la estructura de la vegetación. En los bosques asociados de este río no se han realizado estudios en este grupo por lo que el objetivo de este estudio es determinar y comparar los ensambles de arañas asociados a bosques riparios en respuesta a variables ambientales a lo largo del curso del Río Negro. Se realizaron relevamientos durante las cuatro estaciones del año para evaluar cambios en la diversidad y composición de especies en bosques riparios de tres zonas del curso del río (curso alto, medio y bajo), ya que presentan diferencias en su grado de impacto y conservación. Se utilizaron cuatro métodos de recolección, trampas de caída, manual, aspirador G-vac y revisión de hojarasca. Se registraron las siguientes variables ambientales: profundidad del mantillo, humedad y temperatura del suelo, riqueza y cobertura vegetal del suelo, luminosidad y heterogeneidad vegetal. Se recolectaron un total de 10.277 arañas (32% adultos), 284 especies y 36 familias. Se registraron 56 nuevas citas de especies para el país. El bosque del curso medio del río fue el que presentó valores mayores de diversidad, y el del curso bajo el que presentó valores menores. Se encontraron ocho gremios funcionales y 14 especies indicadoras diferentes en los tres cursos del río. La profundidad del mantillo y la ubicación de los sitios a lo largo del curso fueron las variables que mejor explicaron los cambios en la composición de especies. Este estudio representa un aporte significativo al conocimiento de la araneofauna del país, de los ensambles de arañas en bosques riparios y aporta insumos para la gestión y planes de conservación de la cuenca del Rio Negro en Uruguay. Se discute la influencia de las actividades industriales y productivas en base a los resultados hallados.