La estimación del factor de emisión de CO2 del sistema eléctrico es clave para el cálculo de la línea de base de emisiones para proyectos certificados como Mecanismo de Desarrollo Limpio (CDM) que sustituyen energía de la red. Actualmente Uruguay está impulsando la expansión del sistema de generación de energía eléctrica principalmente en base a energías renovables autóctonas, además de sustituir combustibles derivados del petróleo por otros con menor factor de emisión, como el gas natural. Lo anterior implica un cambio sustancial del parque generador de energía en la próxima década y de las emisiones de CO2 asociadas. En este trabajo se adapta una metodología de cálculo de la línea de base de emisiones para su incorporación al software SimSEE (Simulador de Sistemas de Energía Eléctrica), que se utiliza para la modelación del sistema eléctrico uruguayo y por lo tanto permite modelar tanto el parque generador de energía actual como el proyectado para el futuro. A partir de esta herramienta se evalúa la evolución del factor de emisión de CO2 en el período 2012- 2020. El escenario del año 2020 se basa en un plan óptimo de expansión de la generación eléctrica en Uruguay. Los resultados obtenidos indican una fuerte disminución del factor de emisión entre 2012 y 2020, pasando de valores medios (para 100 simulaciones realizadas en el SimSEE) en el entorno de 0.60 tCO2/MWh a 0.16 tCO2/MWh. En este posible escenario considerado para 2020 se estima que el CDM no actuará como un fuerte incentivo en Uruguay para el desarrollo de proyectos de generación en base a fuentes renovables no tradicionales.