La eutrofización de ecosistemas acuáticos tiene un impacto significativo en la calidad del agua, afectando negativamente la salud del ecosistema y la supervivencia de organismos vivos que dependen de este recurso. En el país, muchos cursos de agua, entre ellos los embalses, se ven afectados por este fenómeno, comúnmente inducida por influencia antrópica y cambios estacionales. Siendo uno de los síntomas más comúnmente observados la floración de cianobacterias, es claro que este fenómeno repercute sobre la comunidad de bacterias en el agua, modificando su estructura y diversidad. En el presente trabajo se adaptó un método de extracción de ADN genómico especifimamente para caracterizar la comunidad microbiológica en embalses del Río Negro. Luego, como una primera aproximación, se compararon los taxones y características encontradas de esta comunidad con antecedentes reportados por métodos tradicionales, ademas de analizar su relación con los parámetros fisicoquímicos asociados propios de la región. Aunque se logró diferenciar composicionalmente las muestras según su ubicación en la columna de agua y se establecieron asociaciones entre características de cada una, persisten interrogantes sobre la reproducibilidad de la técnica. Se proponen modificaciones a la metodología aplicada para futuros estudios en embalses del país, entendiendo relevante la información que esta técnica puede aportar a la gestión de estos ecosistemas.