La falta de información sobre la estructura y funcionamiento de los ecosistemas incluyendo las interacciones entre las especies y el ambiente limita una gestión ambiental eficiente y la toma de decisiones de manejo responsables de recursos. El objetivo de este trabajo fue caracterizar e integrar el conocimiento ecológico local (CEL) de pescadores para una evaluación de la estructura y el funcionamiento ecosistémico incluyendo las interacciones tróficas en la laguna Garzón, así como también evaluar el rol de las pesquerías. Con este fin se realizaron entrevistas semiestructuradas durante el año 2022 en la comunidad residente de pescadores en la laguna Garzón (LG) incluyendo preguntas sobre identificación de especies, capturas, tamaños y alimentación de las mismas. Asimismo, la información recabada del trabajo de campo fue complementada por fuentes de información bibliográfica y compilada en un modelo trófico para el análisis de diferentes indicadores ecosistémicos. El modelo que se construyó estuvo representado por 23 grupos funcionales, mientras que las actividades pesqueras estuvieron representadas por 3 clases de barcas de acuerdo a diferentes especies objetivo. La información sobre aspectos de dieta originadas del CEL y la información de la bibliografía mostraron una gran concordancia. El análisis de la red trófica mostró un sistema de hasta 4 niveles tróficos con una estructura compleja con predadores topes como Paralichthys orbignyanus (lenguado) Hoplias malabaricus (tararira) seguido de Micropogonias furnieri (corvina) Los ítems alimenticios más mencionados por el CEL incluyeron sedimento, caracoles, cangrejos y en menor medida larvas de camarón y peces juveniles. Las especies como el lenguado, las corvinas y el pejerrey mostraron impactos negativos sobre sus presas principales, mientras que las barcas artesanales mostraron un impacto moderado sobre especies objetivo de mayores niveles tróficos como el lenguado y las corvinas y en menor magnitud sobre la lisa. Las mayores conexiones tróficas reportadas por pescadores fueron para especies de niveles tróficos altos, lo que reveló una clara relación con las especies más capturadas. Este estudio indicó que caracterizar e integrar el CEL de pescadores es fundamental para complementar y robustecer otras fuentes de conocimiento como el académico, así como para cogenerar insumos relevantes para un manejo integrado. Resulta fundamental generar instancias de colaboración efectiva con pescadores artesanales mediante procesos de investigación participativa y coproducción de conocimiento.