El lenguado (Paralichthys orbignyanus), el pejerrey (Odontesthes argentinensis) y la lisa (Mugil liza) representan algunas de las especies de peces más abundantes en zonas costeras y constituyen recursos pesqueros de interés comercial capturados por flotas artesanales e industriales en el sur de Brasil, Uruguay y norte de Argentina. En la frontera entre la zona estuarina interna y externa del Río de la Plata, donde se desplaza un frente de turbidez y un frente salino, se distribuyen los ecosistemas subestuariales Pando y Solís Grande. El objetivo de este trabajo fue analizar la variabilidad espacio-temporal de abundancia en juveniles y adultos dentro de cada especie, y evaluar las relaciones especie-ambiente en los subestuarios Pando y Solís Grande. Se aplicaron las pruebas de Kruskal Wallis y Mann-Whitney corregido por Bonferroni para identificar diferencias estacionales de variables abióticas, posteriormente se utilizaron los métodos BIOENV y Análisis Canónico de Correspondencia para correlacionar la matriz biótica con las variables ambientales dentro de la escala estacional. Se identificaron distribución incompleta de los datos bióticos (abundancia por especie) y alta variabilidad de los datos abióticos (temperatura, salinidad, oxígeno disuelto; en superficie y fondo). Los resultados confirman el uso de ambos subestuarios como área de cría, debido a la alta proporción de individuos juveniles de las tres especies. Tanto lisa como pejerrey fueron más abundantes en Pando, particularmente en verano, con condiciones de mayor temperatura y menor concentración de oxígeno disuelto. El lenguado, en cambio, presentó mayor abundancia en Solís Grande principalmente en primavera y otoño, con condiciones de mayor salinidad. En Pando, la variable que mejor explicó la abundancia estacional por especie fue la temperatura, asociada al ciclo reproductivo de las especies. En Solís Grande, la variable que mejor explicó la abundancia de las especies fue la salinidad de superficie, sujeta a variaciones en la descarga de agua dulce.