El cultivo de morrón (Capsicum annuum L.) es uno de los principales cultivos bajo protección en Uruguay. El mismo se ubica como la tercer hortaliza con mayor importancia económica en el mercado. Una de las principales causas que afecta sus niveles de producción es la muerte de plantas producida por patógenos que sobreviven en el suelo. Mufa por Sclerotium ha sido identificada como una de las principales enfermedades que afectan el cultivo. El control habitual de esta enfermedad es a través del uso de fungicidas de síntesis química, los cuales son de uso genérico en agricultura y carecen de especificidad. El uso de herramientas de control biológico, ha mostrado ser eficiente en el control de diferentes patógenos en la producción hortícola. Esto lleva a la búsqueda de nuevas opciones para el control de la enfermedad, ya que actualmente es escasa la información que evalúa el comportamiento del patógeno frente a la utilización de algún agente de biocontrol. El objetivo de este trabajo es evaluar el comportamiento de diferentes cepas de Trichoderma spp. disponibles en el país, como inhibidoras de la mufa en morrón y su efecto en el crecimiento del cultivo. Para ello, se realizó un ensayo de evaluación de 19 aislados de Trichoderma, donde se midieron diferentes variables de crecimiento. En el laboratorio se realizó un cultivo dual, donde se midió la colonización y el porcentaje de inhibición producido por Trichoderma sobre S. rolfsii, y los tres aislados con mejor comportamiento antagonista fueron seleccionados. Posteriormente se realizó la identificación molecular de los aislados elegidos. La evaluación a campo fue realizada en plantas de 80 días, en un diseño en bloque completamente al azar con cuatro repeticiones y cinco tratamientos, realizándose mediciones quincenales. Con respecto a la promoción de crecimiento, la aplicación de Trichoderma en plantines de 80 días no favorece el crecimiento del cultivo. Por otro lado, la utilización de los aislados únicos de Trichoderma pseudoharzianum y T. aphroharzianum, pueden controlar efectivamente la mufa por Sclerotium. Este tipo de control puede ser una potencial herramienta para comenzar a utilizar en sistemas de producción de morrón bajo protección. Sus principales ventajas son el bajo costo de producción, su efecto positivo en el control de S. rolfsii y su bajo impacto ambiental. En particular, sistemas de producción orgánicos se verán altamente beneficiados.