La influenza es una enfermedad respiratoria que infecta anualmente entre el 5-15% de la población mundial y es ocasionada por el virus Influenza perteneciente a la familia Orthomyxoviridae, se divide en los tipos A, B, C y D. Una de las principales estrategias de prevención es la vacunación, sin embargo, la formulación de las vacunas se basa en la información obtenida a partir de países del hemisferio norte y sur, donde reside el 57 % y 2 % de la población mundial, respectivamente, lo cual, representa un desafío debido a una relativa escasez de datos procedentes de países tropicales, donde habita el 41 % de la población. Ecuador es un país tropical ubicado en la línea ecuatorial; el objetivo del estudio es determinar la variabilidad genética, evolución molecular y estacionalidad de Influenza en Ecuador, para lo cual, se analizaron series temporales epidemiológicas mediante la herramienta EPIPOI, a partir de datos publicados en la platafoma Flunet. Para análisis filogenéticos, se utilizaron secuencias obtenidas de la plataforma GISAID y herramientas bioinformáticas como MAFFT, BEAST, MEGA. Los resultados obtenidos evidencian que la epidemiología de Influenza en Ecuador, se asemeja a países del hemisferio norte y sugieren que la formulación de la vacuna del hemisferio norte es más apropiada para este país. Los virus de Influenza A presentan mayor variabilidad genética que el tipo B. El subtipo A/H3N2, evidenció mayor diversidad genética y los virus con menor variabilidad fueron los B/Yamagata. Entre todas las muestras analizadas, se identificó una muestra del subtipo A/H1N1 pdm09 con la mutación H275Y. Se evidenció la co-circulación de diferentes linajes genéticos de influenza en diferentes regiones geográficas del país. El brote de Influenza aviar causante de la emergencia zoosanitaria en el país fue originado por el clado 2.3.4.4b, el cual, ha ocasionado casos de transmisión accidental animal – hombre y presenta un riesgo constante para la salud pública y la economía de los países de la región.