La tesis tiene por objetivo evaluar el grado de adecuación de las medidas de fomento a la innovación empresarial implementadas en Uruguay por parte de la ANII durante el período 2008-2014, tanto a los lineamientos establecidos en el documento de planificación estratégica vigente en esta área (PENCTI), como a las características del proceso de innovación de las empresas pertenecientes a diferentes sectores productivos, y en especial a aquellos definidos como estratégicos por el Estado. Para una mejor comprensión del objeto de estudio, la investigación partió de una contextualización del mismo en tres dimensiones: i) alcance temático (análisis de políticas de ciencia, tecnología e innovación); ii) histórica (evolución de largo plazo); y iii) geográfica (Uruguay en el contexto latinoamericano). La estrategia metodológica implicó triangulación de técnicas, combinando la sistematización de fuentes documentales y bibliográficas, con la construcción y procesamiento de bases de datos primarias, el diseño, realización y análisis de entrevistas a informantes calificados, y el análisis multivariado de encuestas nacionales de innovación. La investigación permite concluir que existe una brecha importante entre la política de innovación que fue explicitada en el PENCTI y la efectivamente implementada, en particular a través de los instrumentos gestionados por ANII. Mientras que los lineamientos estratégicos se basan en un enfoque amplio de sistemas de innovación, la política efectivamente implementada tiene un enfoque más restringido, lo cual ha limitado fuertemente su alcance. Dichas diferencias advierten sobre la existencia de distintas concepciones subyacentes entre quienes explicitaron la política de innovación y quienes se encargan de su diseño e implementación.Finalmente, a partir del análisis de los procesos de innovación de las empresas (agropecuarias, manufactureras y de servicios), y la evaluación de su correspondencia con el diseño de los instrumentos de política, se concluye que la heterogeneidad de los patrones de innovación aún no ha sido adecuadamente considerada en las políticas de innovación en Uruguay. Mientras las políticas continúan fuertemente sesgadas hacia el apoyo a la I+D y la innovación tecnológica con alto grado de novedad, muy pocas empresas presentan dicho perfil innovador, lo cual explica en gran parte que las intervenciones de política aún no hayan logrado una cobertura satisfactoria para varios sectores priorizados en el PENCTI