Es conocida la influencia de la tectónica en el movimiento del flujo del agua subterránea, especialmente en acuíferos de gran extensión como el Sistema Acuífero Guaraní. En su porción sur, el flujo del Sistema Acuífero Guaraní presenta una gran incertidumbre debido a la ausencia de información geológica e hidrogeológica. En este trabajo se presenta un mapa de lineamientos de la zona de estudio (provincia de Corrientes y aledaños), desarrollado a partir de imágenes satelitales Landsat-ETM y del modelo digital de elevación SRTM, que permite analizar la influencia de la deformación tectónica sobre el Sistema Acuífero Guaraní a la luz de los últimos avances en el conocimiento geológico profundo de la zona de estudio. La metodología es de pruebas múltiples y de reproducibilidad de las mediciones. Se han diferenciado tres dominios morfoestructurales en función de la densidad de los lineamientos estructurales de cada área y de la orientación de los mismos. Desde el punto de vista hidrogeológico, es muy importante la delimitación de una de ellas, la zona sureste de Corrientes, porque tiene una mayor densidad de lineamientos con orientaciones NO-SE como reflejo de un mayor fracturamiento. Como resultado, se tendría un aumento en la permeabilidad equivalente de los basaltos que confinan al Sistema Acuífero Guaraní y una mayor conectividad del mismo con los acuíferos superficiales. Esto explicaría, en consonancia con recientes estudios hidroquímicos, las mezclas de aguas de recarga de lluvia con aguas salinas profundas ascendentes que han sido identificadas en esa zona.