La gran variabilidad genética del Virus de Inmunodeficiencia Humana (VIH) y su rápida diseminación, constituye un desafío para la especificidad de las pruebas diagnósticas, aumentando el riesgo de aparición de cepas multirresistentes y complejizando el desarrollo de vacunas eficaces. En este contexto, la vigilancia genómica se ha convertido en un componente fundamental de las estrategias de prevención del VIH. Con el objetivo de caracterizar la dinámica de la epidemia del VIH-1 a nivel molecular, se analizaron 1270 secuencias virales correspondientes a un fragmento de la región pol del genoma de VIH-1, obtenidas entre 2007 y 2021. Los resultados indican que, al menos 17 linajes de VIH-1 circularon en el país durante ese periodo de tiempo, siendo el subtipo B el de mayor prevalencia (39,2%), aunque se constata una disminución progresiva de este subtipo a lo largo del periodo estudiado. En cambio, los recombinantes BF mostraron un aumento de su prevalencia entre 2007 y 2021. Se identificó un posible nuevo linaje recombinante BF1, al que se denominó “BF1.x”. Este clado constituye el 8,3% de las secuencias analizadas, y las cepas que lo componen presentan una amplia diseminación geográfica y temporal. El resto de los linajes caracterizados (C, A1, F1, 01_AE, 12_BF, 17_BF1, 19_cpx, 20_BG, 24_BG, 28/29_BF1, 31_BC, 38_BF1, 41_CD, 46_BF1 y 60_BC) comprenden, en conjunto, el 52,5% de las secuencias analizadas. El análisis conjunto de secuencias genéticas virales y datos epidemiológicos, permitió el establecimiento de relaciones entre los linajes de VIH-1 caracterizados con variables clínicas y demográficas. Este enfoque integral enriquece la comprensión de la dinámica epidemiológica viral y proporciona valiosa información que podría contribuir de manera significativa a la optimización de la vigilancia sanitaria del VIH en nuestro país.