Las variedades criollas de maíz son poblaciones altamente dinámicas y al mismo tiempo una herramienta de conservación de los recursos genéticos y generadoras de diversidad. La información sobre la diversidad de maíz de Uruguay y Brasil fue actualizada en una nueva reclasificación de razas de las Tierras Bajas de América del Sur, sin embargo este estudio no contempló el área de la citogenética. Los knobs cromosómicos son bloques de heterocromatina que se tiñen diferencialmente y han sido utilizados para caracterizar citogenéticamente diferentes genotipos de maíz. El objetivo del trabajo fue caracterizar la variabilidad genética de variedades criollas de maíces de Uruguay y Brasil mediante técnicas de citogenética, basado en el estudio de número y tamaño de knobs, porcentaje de heterocromatina y presencia de cromosomas supernumerarios B (Bs). Se estudiaron 36 accesiones de variedades criollas de maíz clasificadas en 21 razas. El análisis de número de knobs y presencia de Bs se realizó sobre cromosomas metafásicos mitóticos mediante bandeo fluorescente DAPI. Se observó variación significativa en número de knobs para maíces dentados y harinosos, y gran variabilidad en el porcentaje de heterocromatina, además se encontraron knobs medianos a grandes en todos los individuos analizados. Las razas presentaron también gran variabilidad en cuanto a número de knobs y porcentaje de heterocromatina, sin embargo no significativo. En los resultados obtenidos se destaca la diferencia en la frecuencia de Bs, de 0,25 para Uruguay y 0,025 para Brasil, siendo el primer registro realizado para un conjunto de razas para ambos países. En conclusión, existe variabilidad intragenómica en número de knobs y porcentaje de heterocromatina. Además, hay diferencias significativas entre las frecuencias de Bs entre ambos países, las cuales pueden estar asociadas con la ruta de dispersión de maíz hasta las tierras bajas.