En Uruguay se ha descrito la circulación de las variantes virales de la Rabia asociadas a los quirópteros Tadarida brasiliensis y Desmodus rotundus, ambas especies presentes en el país. El sistema nervioso central (SNC), es el órgano diana de este virus. El objetivo de este trabajo fue describir el SNC de cada especie y a su vez realizar la búsqueda de posibles lesiones compatibles con la Rabia, mediante técnicas de histopatología (tinciones de Hematoxilina Eosina, Azul de Toluidina e Inmunohistoquímica). Se utilizaron 2 ejemplares de D. rotundus obtenidos de un foco de rabia paresiante y 2 ejemplares de T. brasiliensis, uno de los cuales presentó signos compatibles con cuadro neurológico. Concluimos que D. rotundus presentó mayor tamaño y volumen encefálico lo cual se asocia a su complejidad comportamental. A nivel microscópico la descripción neuroanatómica fue similar en ambas especies, identificándose múltiples áreas de importancia en los cortes realizados. No se registraron en ninguno de los casos lesiones histopatológicas asociadas a encefalitis rábica.