La roya de tallo (RT) causada por Puccinia graminis f.sp. tritici fue la enfermedad del cultivo de trigo más devastadora a nivel mundial hasta la década de 1980 por poder causar pérdidas totales en condiciones favorables en cultivares susceptibles. Posteriormente, el control mediante resistencia hospedera determinó el control de la RT durante décadas. Sin embargo, la amenaza de la migración de las razas africanas (Ug99+) virulentas sobre los principales genes de resistencia utilizados en América del Sur (Sr24 y Sr31) y la re-emergencia de la RT a nivel epidémico en Uruguay debido a la gran proporción de área sembrada con cultivares susceptibles, requiere desarrollar herramientas para el manejo de esta enfermedad. Los objetivos del presente trabajo fueron ajustar el manejo de la RT con fungicidas de manera de contar con una herramienta de control disponible en el corto plazo, y estudiar la base genética de la resistencia de dos materiales altamente resistentes a razas locales y Ug99+. Se llevaron a cabo ensayos de campo durante 2015 y 2016 en INIA La Estanzuela (LE) y se determinó que la aplicación de fungicidas en el momento de la aparición de los primeros síntomas redujo significativamente (p ≤ 0.05) la severidad de RT, AUDPC e incrementó el rendimiento de grano, el peso hectolítrico y el peso de mil granos, en comparación con el tratamiento sin fungicidas y aplicaciones a Z71 en un cultivar susceptible y en uno moderadamente susceptible. Resultados preliminares indicaron que la combinación de principios activos probados jugó un rol secundario para el manejo de RT. El análisis de QTL con información genotípica (GBS) y datos fenotípicos recolectados a campo e invernáculo en dos localidades en Uruguay y en Kenia, demostraron la presencia de al menos cuatro QTLs de resistencia a RT en el cultivar INIA Tero, y tres QTL en la línea BR23//CEP19/PF85490. En ambos materiales el principal QTL confiriendo resistencia en plántula y planta adulta a razas locales y Ug99+ se ubicó en el cromosoma 2B, aunque no fue posible determinar si es el mismo gen en ambos materiales. Este locus (o loci) puede corresponder a los genes Sr28 o Sr9h ya reportados, un nuevo alelo del gen Sr9 o un nuevo gen Sr. Estudios adicionales son necesarios para determinar la identidad de estos genes para evitar baja diversidad genética de la resistencia a RT en el Programa de Mejoramiento de trigo.