Conocer los factores responsables de la pérdida de rendimiento es esencial para la intensificación sostenible de la agricultura. Sin embargo, las ideas promisorias de la investigación a escala de cultivos no son siempre adoptadas por los productores. Es necesario profundizar en la comprensión de las compensaciones económicas y agronómicas asociadas a cambios en los sistemas prediales. Los objetivos de este estudio fueron: (1) identificar estrategias para reducir la brecha de rendimientos del cultivo de tomate de invernadero en el sur de Uruguay; (2) analizar principales determinantes de la eficiencia económica del cultivo y cómo se ve afectada por características de los predios (3) analizar el proceso de rediseño a nivel del cultivo principal y el predio, focalizando en: sinergias y compensaciones entre la maximización del rendimiento y la mejora del sistema predial. Se evaluaron 110 invernaderos en 23 predios durante 2014/15 y 2015/16. La escalada desde el nivel cultivo al nivel predial se estudió en cinco predios aplicando co-innovación bajo el marco de intensificación ecológica. El rendimiento varió de 0,9 a 24,3 kg m⁻² y la brecha de rendimiento fue de 10,7 kg m⁻² o 44% relativa al potencial. La radiación fotosintéticamente activa acumulada interceptada (PARINT) fue la variable más correlacionada con el rendimiento. Analizamos dos formas de aumentar el rendimiento: (1) modificando los factores que definen el rendimiento para aumentar la PARINT y (2) modificando los factores limitantes y reductores responsables de la brecha para cada nivel de PARINT. La variabilidad en la eficiencia económica entre los cultivos se explicó mayormente por diferencias de rendimiento y precios de venta, mientras que el tipo de predio según disponibilidad de recursos no fue jerarquizado. Considerar el predio en su conjunto para rediseñar sistemas más sostenibles tuvo mayor impacto económico que centrarse solo en el cultivo principal. Sin embargo, el análisis de brechas dentro del rediseño del sistema predial permitió ser preciso en los cambios a sugerir sobre el cultivo principal para la mejora global de los sistemas.