Pseudomonas aeruginosa y Mycobacterium avium complex son microorganismos patógenos oportunistas formadores de biofilms que pueden encontrarse en los sistemas secundarios de distribución de agua potable, alterando la calidad de la misma y presentando potenciales riesgos para consumidores inmunocomprometidos. Para el análisis microbiológico de agua los métodos más utilizados son los bioquímicos y dependientes de cultivo, seguidos de métodos moleculares como la técnica reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR). Debido a la ausencia de normativa, en nuestro país no se conoce la eficacia de la purificación de agua por carbono granular activado. El objetivo del presente trabajo fue la evaluación de la calidad del agua potable de muestras de agua de red, agua de tanque, y de agua purificada de la Facultad de Química según los requisitos fisicoquímicos y microbiológicos establecidos en la norma UNIT 833:2008. Se realizó la búsqueda de Mycobacterium spp. en 500 mL de muestra. Se empleó el método de qPCR para la determinación de la carga bacteriana de cada muestra y la detección molecular de Mycobacterium spp. Adicionalmente, se planteó realizar los primeros pasos para optimizar una multiplex qPCR (mqPCR) para la detección y cuantificación de un pool de ADN de M. avium y P. aeruginosa en agua potable. Se realizó el análisis in silico y experimental de especificidad de cebadores y sondas a utilizar en mqPCR. Se realizó además un diseño factorial, y se evaluaron los modelos obtenidos para llegar a la mejor concentración de sondas y cebadores a emplear en la detección de M. avium y P. aeruginosa en las muestras recolectadas. Mediante mqPCR se determinó la ausencia de M. avium y P. aeruginosa en todas las muestras. Las mismas cumplieron con los valores máximos permitidos para las eterminaciones fisicoquímicas establecidos por la normativa disponible. Todas las muestras resultaron conformes para la ausencia de coliformes totales y E. coli en 100 mL de muestra, así como para la ausencia de P. aeruginosa en 10 mL de muestra. Tres muestras de agua purificada y dos muestras de agua de tanque no cumplieron con el valor máximo permitido para el recuento de heterótrofos. Las muestras de agua de red pre y post filtrado presentaron los recuentos de heterótrofos y estimación de carga bacteriana más bajos. Respecto a la presencia de Mycobacterium spp., mediante el método de cultivo se encontraron bacterias de este género en dos muestras de agua purificada, identificándose M. fortuitum en una de ellas. No se encontró la presencia de bacterias de este género en muestras de entrada de agua. La detección de este género por qPCR determinó su presencia en el 100% de las muestras.