El maní (Arachis hypogaea) es un cultivo nativo de América del Sur de gran importancia en el mundo por ser un alimento con un elevado contenido de aceites, proteínas, vitaminas y minerales, así como metabolitos secundarios de tipo fenilpropanoide. El cultivo presenta una elevada variabilidad fenotípica, pudiéndose distinguir subespecies y variedades botánicas. Uruguay es parte de uno de los centros de diversidad del maní, correspondiente a la región Guaraní. En el país la producción del cultivo se ha desarrollado a partir de variedades criollas adaptadas a las condiciones locales, aun así, los estudios sobre su estado de conservación son escasos. En las últimas décadas ha habido una reducción del cultivo en Uruguay. Para este trabajo se propuso analizar la variabilidad fenotípica (morfológica y de metabolitos secundarios) de las variedades criollas de maní que son plantadas por productores familiares en la actualidad. Para la caracterización morfológica se utilizaron descriptores sugeridos en manuales internacionales, y para la caracterización metabolómica se estudió la variabilidad química de extractos focalizados en compuestos de tipo fenilpropanoide, analizando los espectros de Resonancia Magnética Nuclear de 1H. Se determinó que hay diversidad fenotípica entre las distintas variedades criollas y también dentro de cada variedad. Hubo diferencias significativas entre las variedades criollas para 15 de los descriptores morfológicos. Las características morfológicas que no presentaron diferencias significativas son aquellas relacionadas a la pertenencia de todas las plantas a la iv subespecie fastigiata, para la cual Uruguay es considerado un centro de diversidad. Los resultados muestran que descriptores de vaina y granos permiten distinguir los tipos agronómicos Español y Valencia en variedades criollas de Uruguay.Se determinó que los extractos de las distintas variedades criollas presentaron perfiles de compuestos que no pueden ser discriminados con modelos generados con análisis multivariados (PLS-DA y Random Forest) utilizando como variable de clasificación la variedad de las semillas, lo que indicaría la presencia de compuestos similares en las distintas variedades.