La hipoalfalipoproteinemia se define como un trastorno que afecta al metabolismo de las partículas de HDL, alterando su composición, concentración y el tamaño de las mismas. El término hipoalfalipoproteinemia primaria corresponde a concentraciones plasmáticas de HDL-Cpor debajo del percentil 10 con un componente genético. El bajo HDL es uno de los factores de riesgo aterogénico mejor conocidos y forma parte de las dislipemias más comunes generadoras de enfermedades cardiovasculares en la población occidental. En las últimas 6 décadas, estas enfermedades son la principal causa de muerte en nuestro país. Se sabe que existe una relación inversa entre los niveles plasmáticos de las lipoproteínas de alta densidad y el riesgo de cardiopatía isquémica. Se calcula que entre 40 y 60% de la variación en los niveles de las HDL está determinada genéticamente y existe evidencia de que son varios los genes que podrían participar en la regulación de este rasgo fenotípico. Se sabe cuáles son las causas genéticas de esta patología. La ApoAI es la apolipoproteina más importante del HDL constituyendo el 70 % de su masa proteica, siendo el gen apoAI uno de los candidatos más importantes para estudiar la variabilidad genética de los niveles de HDL. Una causa más rara de deficiencia de HDL se debe a mutaciones en el transportador de membrana ATP Binding Casette 1 (ABCA1). Esta proteína interactúa directamente con la ApoAI para promover el eflujo de colesterol celular. Otro gen candidato es el que codifica la lecitin colesterol acil transferasa (LCAT). Esta enzima es la encargada de esterificar el colesterol de las HDL para generar las partículas maduras. Estas tres moléculas, ApoAI, ABCA1 y LCAT, parecen tener un papel fundamental en el transporte reverso del colesterol desde las células periféricas hacia el hígado y otros tejidos. Nuestro objetivo ha sido elaborar una metodología que contribuya al conocimiento de los componentes genéticos de la hipoalfalipoproteinemia primaria. Esto representa un campo enorme de investigación de vital importancia para la prevención y el tratamiento de la aterosclerosis y la cardiopatía isquémica en nuestro país.