Este trabajo propone identificar y analizar algunos de los aspectos relacionados con la organización del trabajo que inciden en el ausentismo docente en escuelas del programa A.PR.EN.D.E.R. (Atención Prioritaria en Entornos con Dificultades Estructurales Relativas, en adelante APRENDER). Para ello, se toman aspectos asociados a las CyMAT (Condiciones y Medio Ambiente de Trabajo) como son la organización del trabajo, el medio ambiente y la carga global del trabajo en relación con la salud y el desgaste mental de los maestros que se encuentran ejecutando ese programa educativo. Estos aspectos ofician de estresores o motivadores a la hora de poner en práctica algunas estrategias de afrontamiento frente a los riesgos psicosociales, las características de los vínculos laborales y las demandas del contexto social. La temática se enmarca en la realidad actual del sistema educativo uruguayo, que asiste a procesos de transformación proponiendo atender algunas problemáticas tales como lograr la equidad y calidad de la educación en el país. Se trata de un estudio de carácter mixto que abarca tres escuelas dentro del programa APRENDER, que están situadas en una misma zona, pero presentan diferencias en cuanto a condiciones estructurales y movilidad del plantel docente (licencias, traslados). En él han participado un total de veinte docentes y cinco informantes calificados. Los instrumentos utilizados son cuestionarios y entrevistas semiestructuradas a los docentes, directores y otros informantes claves para la temática del proyecto. Del análisis de los datos surge que existe una relación entre el ausentismo —planteado como proceso de no estar o desubjetivación frente a la tarea—, las prácticas organizacionales y las modalidades vinculares entre los trabajadores. A su vez, el estudio muestra que este proceso de ausentismo se ve influenciado por el estilo de liderazgo que se promueve desde los equipos de dirección. Se hallaron relaciones significativas entre condiciones organizacionales, los modos de liderazgo directivos y el desgaste mental. Por último, se discuten resultados vinculados a salud laboral en docentes y el proceso de ausentismo laboral, y se plantean sugerencias para futuros estudios.