La eimeriosis bovina es una enfermedad de gran impacto mundial que afecta principalmente animales jóvenes, produciendo grandes pérdidas económicas. Si bien se describe la presencia de esta parasitosis en Uruguay, poco se sabe sobre las especies que afectan a los bovinos. El objetivo de este trabajo fue identificar Eimeria spp. en materia fecal de terneros en 12 establecimientos y describir la dinámica de la eliminación de ooquistes y su asociación con la edad de los terneros en uno de estos establecimientos. Después de cultivarse durante 10 días, las especies se identificaron considerando las características morfométricas de los ooquistes esporulados. Se identificaron nueve especies; Eimeria. zuernii, E. bovis, E. ellipsoidalis, E. auburnensis, E. canadensis, E. alabamensis, E. illinoisensis, E. wyomingensis y E. cylindrica. Dos de las especies consideradas como altamente patógenas para el ganado (E. bovis y E. zuernii) estaban presentes en altas prevalencias en los cultivos. Para evaluar la dinámica de la eliminación de ooquistes y su asociación con la edad de los terneros se realizó un muestreo semanal de materia fecal de 97 terneros durante siete meses. De las 716 muestras fecales, 67,88% fueron negativas, 25,84% tenían entre 40 y 4000 ooquistes por gramos de materia fecal (OPG), y 6,28% tenían más de 4000 OPG. El pico de eliminación de ooquistes ocurrió entre los días 21 y 40. Este grupo de edad, además de haber tenido más probabilidades de tener valores medios y altos de OPG (OR: 54,14), tuvo una alta eliminación de ooquistes de E. bovis y E. zuernii, lo que sugiere que este es un período crítico para la aparición de la eimeriosis. Debido a esto, los terneros que tienen entre 21 y 40 días de edad son los más propensos a ser afectados por la eimeriosis y las medidas de control y prevención deben centrarse en el manejo y monitoreo de los animales en esta edad.