En el presente trabajo se aborda como tema central los procesos de innovación y su vinculación con el desarrollo territorial. Se trata de indagar, a partir del estudio de caso de un programa enmarcado en la política pública llevada a cabo por la Agencia Nacional de Investigación e Innovación, si existen las condiciones necesarias desde el territorio para la consecución de un medio o entorno innovador. El objetivo general del trabajo se desagrega en tres objetivos específicos: 1) analizar cuál es la concepción implícita de la innovación; 2) determinar las interacciones y redes territoriales entre emprendedores y otros actores relevantes del sistema de innovación local e 3) identificar restricciones territoriales a la innovación. La metodología empleada en el estudio es cualitativa, se realizaron entrevistas en profundidad a emprendedores que participan en el proceso de incubación, así como a referentes de universidades, asociaciones empresariales y técnicos de la incubadora de empresas. Los resultados de investigación dan cuenta de una concepción de innovación que confluye hacia un enfoque territorial, aunque prima un sesgo microeconómico desde el programa; un incipiente proceso de conformación de redes territoriales e interacción entre actores del sistema de innovación local y factores extraeconómicos que representan restricciones territoriales.