La intensificación del cultivo de arroz requiere una evaluación de sus efectos ambientales. En Uruguay incluye una fase de inundación, que modifica las condiciones del suelo, y no es conocido como afecta la dinámica de los plaguicidas. En esta tesis se tomó como caso de estudio el uso de glifosato (GLY) como barbecho químico en el cultivo de arroz. Este trabajo se situó en el Experimento a Largo Plazo (ELP) de rotaciones arroceras ubicado en Paso de la Laguna, INIA Treinta y Tres. Se seleccionaroncuatro rotaciones con distintos niveles de intensificación en el uso del suelo (arroz continuo, arroz-soja y dos rotaciones arroz-pastura), aplicándose GLY como barbecho químico y herbicida pre-emergente en la zafra 2019/2020. En la primera etapa, se validó una técnica analítica para determinar residuos de GLY y su metabolito AMPA en muestras de suelo y lámina de agua tomadas durante la zafra. Se muestrearon periódicamente muestras de suelo, agua de inundación y analizó la dinámica de la concentración de GLY y AMPA. En la segunda etapa de esta investigación, se ajustó modelos de decaimiento exponencial en diferentes intervalos de tiempo desde la primera aplicación de GLY hasta la cosecha del cultivo, utilizando las rotaciones como covariables. Los resultados confirman la transferencia de GLY y AMPA desde el suelo hacia la lámina de agua, la disminución de las tasas de degradación durante el período de inundación y la residualidad de ambos compuestos al finalizar la zafra de arroz. Estos hallazgos contribuyen a la comprensión del comportamiento y destino del GLY en suelo y agua en un sistema agrícola que alterna condiciones aeróbicas y anaeróbicas. Se han generado también conocimientos útiles para la toma de decisiones y gestión del cultivo con el fin de minimizar la posible exportación de GLY y AMPA a otros cursos de agua.