La distribución de los seres vivos en la naturaleza responde a factores ambientales con los cuales interactúan, y uno de los objetivos de la biogeografía es intentar dilucidar cuáles son esos factores a los que responden los patrones corológicos. En este trabajo se analizan los patrones de distribución de reptiles de Paraguay con el fin de observar si se ajustan a modelos eco-regionales propuestos anteriormente. Además se identifican áreas de endemismos para intentar inferir las relaciones de las regiones resultantes. Se realizó un análisis PAE (Parsimony Analysis of Endemisms) para 180 taxa a nivel de género y especie, en una matriz de un grado de latitud por un grado de longitud. Si bien los resultados no son concluyentes dado que se evidencia una gran falta de información, y un exagerado muestreo en áreas urbanas, se puede observar la presencia de patrones de distribución de reptiles que coinciden con el área ocupada por el Chaco Seco; diferenciado del Chaco Húmedo y dentro del cual se presentan los elementos del Pantanal. Finalmente, el Cerrado se encuentra fuertemente ligado a taxa que se corresponderían con la herpetofauna del Bosque Atlántico del Alto Paraná